Membru al Casei de Habsburg, Filip al III-lea s-a născut la Madrid ca fiu al regelui Filip al II-lea al Spaniei și a celei de-a patra soții, Anna de Austria, fiica împăratului romano-german Maximilian al II-lea și a împărătesei Maria a Spaniei. Mai târziu, Filip al III-lea s-a căsătorit cu Margaret de Austria, sora împăratului romano-german Ferdinand al II-lea