Ciupercile acvatice saprofite (trăiesc pe resturile submerse) sau parazite (trăiesc pe seama ţesuturilor vii a animalelor sau a vegetalelor din apă) sunt mai puţin evoluate, dar foarte răspândite în toate habitatele (ape curgătoare, lacuri, mări şi oceane). Dintre speciile mai cunoscute, amintim: Pythium maritimum (trăieşte ca saprofit în mări şi oceane, inclusiv în Marea Neagră), Saprolegnia ferax (specie saprofită pe cadavrele peştilor), Olpidiopsis achlyae şi Leptosphaeria lemaneae (specii parazite pe alge). Numeroase specii aparţinătoare familiei Saprolegniaceae parazitează peştii.
